Самоковската епархия (на сръбски: Самоковска епархија, на гръцки: Ιερά Μητρόπολη Σαμακοβίου) е историческа православнаепархия, митрополия, с център град Самоков, съществувала през периода 1557 – 1878 година в Османската империя и от 1878 година и до закриването си в 1907 година в Княжество България.
През периода 1557 – 1766 година Самоковската митрополия е в състава на Печката патриаршия, през периода 1766 - 1870 г. - в състава на Цариградската патриаршия. Присъединена е към Българската екзархия веднага след учредяването и (1870). Според екзархийския устав от 1871 г. няколко епархии трябва да бъдат закрити след смъртта на титулярните им митрополити. След смъртта на кюстендилския митрополит Иларион през 1884 г. е закрита Кюстендилската епархия, а през 1907 г. след смъртта на самоковския митрополит Доситей е закрита и Самоковската епархия. Техните диоцези преминават към Софийската епархия.
Семерджиев, Христо, Самоков и околността му, София, 1913, печатница „День“, с.5-73.
Стефанов, П., йером. "Исторически обзор на Самоковската епархия (XVI-XX в.)", в Духовна култура, 1985, № 7, 25-31.
Radosavlevich, Nedelko, „Eparhije Banje (Kjustendila) i Samokova u Pechkoj Patriarshije 1557-1766”, в Известия на Исторически музей, Кюстендил, т.Х, 2005 г.
↑Стојановић, Стари српски записи и натписи, №№ 2709, 2712, 7735
↑Б. Христова, Д. Караджова, Е. Узунова. Бележки на българските книжовници Х-XVIII век. Т.1-2. С., 2003-2004, № 375
↑ абвΓερμανός, μιτρ. Σάρδεων. Επισκοπικοί κατάλογοι των επαρχιών της βορείου Θράκης και εν γένει της Βουλγαρίας από της Αλώσεως και εξής // Θρακικά (8). 1937. σ. 160. (на гръцки)
↑Б. Христова, Д. Караджова, Е. Узунова. Бележки на българските книжовници Х-XVIII век. Т.1-2. С., 2003-2004, № 415
↑Маркова, Зина. Българското църковно-национално движение до Кримската война. София, Българска академия на науките. Институт за история. Издателство на Българската академия на науките, 1976. с. 147.