Първият известен епископ в Стоби – град, разположен при устието на река Черна във Вардар, е Вудий (Будий), участник в I Вселенски събор в 325 година. От IV век са и голямата епископска базилика, както и епископската резиденция в града, проучени при археологически разкопки през XX – XXI век, които свидетелстват, че градът е един от основните центрове на християнството в областта.[1][2][3] В началото на V век при епископ Филип базиликата е преустроена.[1][2] Тъй като Стоби е главен град на провинция Македония Секунда, изследователите в Република Македония, смятат, че епархията е била митрополия.[1] Според Мишел льо Киен обаче Стобийската епископия е подчинена на Солунската митрополия.[4] Вероятно епископията е подчинена на учредената от Юстиниан I на 14 април 535 г. архиепископия Първа Юстиниана.[5] На Шестия Вселенски събор през 680 – 681 г. присъства стобийският епископ Йоан.[5] След разрушаването на Стоби в VI век титулярни стобийски епископи на Вселенската патриаршия се споменават до края на VII век като участници в християнските събори.[1]
В XIX век Стобийски е титлата на викарния епископ на Кюстендилската митрополия, резидиращ в Щип, тъй като Щип погрешно е отъждествяван с някогашния епископски град Стоби. В първите години на съществуването на Българската екзархия, в 1875 година йеромонах Синесий Рилски е ръкоположен като Стовийски епископ и става викарий на престарелия митрополит Иларион Кюстендилски. От 1931 година титлата Стобийски се дава редовно на български епископи, секретари на Синода в София или викарии на различни митрополии.[6]
На 17 юни 2007 година за стобийски епископ на каноничната Православна охридска архиепископия в Република Македония е ръкоположен Давид, който е управляващ Струмишката епархия на архиепископията.[7]