Епархията е образувана в 1761 година от части от Нишката и Софийската епархия при митрополит Гавриил II Нишки. Първоначално епископията е в състава на Софийската митрополия, а по-късно е издигната в архиепскопия и отделена. Първият споменат нишавски митрополит е Самуил – в акт на Великата църква и патриарх Кирил VI Константинополски от 1815 година, с който епархията се обединява с Нишката под митрополит Мелетий. В документи на Патриаршията от 1846 и 1847 година епархията отново е отделна от Нишката.[1]
Присъединена е към Българската екзархия веднага след учредяването и през 1870 година, като е оглавена от митрополит Партений Зографски. В периода октомври 1874 – юни 1878 година за временно управляващ епархията е избран Евстатий Пелагонийски, когато е екстрадиран от сръбските окупационни власти.[2]
Епархията е закрита, след като Пиротско попада в Сърбия по Берлинския договор от 1878 година.
Нишавска е титулярна епископия на Българската православна църква от 28 декември 1910 година.[3]
