Ксавие Малис изиграва първия си професионален мач в ATP през 1998 г. През ноември същата година играе първия си финал в турнир на ATP — в Мексико, където отстъпва на чешкия тенисист Иржи Новак с 3-6, 3-6. През 1999 г. достига до финала на турнира в Делрей Бийч. През май дебютира в основната схема на турнир от Големия шлем — Откритото първенство на Франция, където губи още в първия кръг. През 2001 г. за втори път в кариерата си, се класира на финала на турнира в Делрей Бийч и отново отстъпва. През същия сезон достига до финала в Атланта. През 2002 г., побеждавайки по пътя испанeца Гало Бланко, американеца Винсънт Спейдия, руснака Евгени Кафелников, британеца Грег Руседски и холандския тенисист Рихард Крайчек в продължителен петсетов мач с общ резултат 6-1, 4-6, 6-2, 3-6, 9-7, Малис усрява да се добере до полуфинала на Уимбълдън. В оспорвана борба за класиране на финала, той отстъпва на аржентинеца Давид Налбандиян с 6-7(2), 4-6, 6-1, 6-2, 2-6.
Успешният сезон в кариерата на Ксавие Малис е 2004 г. През май, след тригодишна суша, той достига до финала на турнира от ATP в австрийския град Санкт Пьолтен.