Отборът е основан на 23 януари 1930 година от сливането на 2 други отбора – Клубе Атлетико Паулищано и Атлетика даш Палмейраш. Цветовете на екипите са заимствани от тези 2 отбора (червено и бяло от „Паулищано“ и бяло и черно от „Палмейраш“). В първия си футболен шампионат „Сао Пауло“ става 2-ри и записва само 1 загуба. През 1931 година тимът печели шампионата на Сао Пауло с 20 победи, 5 равни мача и 1 загуба. През 2005 година клубът става световен клубен шампион, а на следващата година печели шампионата на Бразилия за 4-ти път.